Η μονάδα παραγωγής Βιοντίζελ της ΒΙΟΜΑΚ ΑΒΕΤΕ η οποία τελεί υπό κατασκευή μπορεί να χρησιμοποιεί ως πρώτη ύλη ελαιούχους σπόρους, ανακυκλώσιμα φυτικά έλαια, ζωικά λίπη και κτηνοτροφικά απόβλητα. Πρόκειται για μια καθετοποιημένη μονάδα παραγωγής με συνεχή έλεγχο σε κάθε στάδιο της. Σε πλήρη ανάπτυξη η μονάδα παραγωγής Βιοντίζελ έχει δυνατότητα παραγωγής 200.000 μετρικών τόνων προϊόντος ανά χρόνο.